截至2019年4月，芗城区下辖4个镇、6个街道办事处：东铺头街道、西桥街道、新桥街道、巷口街道、南坑街道、通北街道、浦南镇、天宝镇、芝山镇、石亭镇、全区下设88个社区、居委会，83个村民委员会、7个校区;另外，管辖芗城区奶牛场、后房农场、五峰农场、大房农场、天宝林场、金峰经济开发区。其中金峰经济开发区与芝山镇实行两个牌子一套领导，大房农场及西桥街道的南山社区、大桥社区、南星村归漳州高新技术产业开发区管辖。